Fakultas Ilmu Administrasi (FIA) Unika Atma Jaya pertama kali didirikan pada 11 Juli 1960 dengan nama Fakultas Sosial Politik (Sospol). Sejak tahun akademik 1985/1986, nama Fakultas Ilmu Administrasi (FIA) dengan Program Studi Administrasi Niaga menjadi nama baru. Fakultas Ilmu Administrasi-Program Studi Ilmu Administrasi Niaga Unika Atma Jaya, memperoleh peringkat akreditasi A selama tiga periode berturut-turut sejak 1998 yaitu berdasarkan Keputusan BAN-PT Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI dan masih terus dipertahankan.

Program Studi Strata 1 (S1) Ilmu Komunikasi mulai ditambahkan sejak tahun ajaran 2009/2010. Setahun berselang, Program Studi Hospitality juga kembali ditambahkan, seturut dengan ijin dari DIKTI. Dengan demikian, hingga saat ini FIA Unika Atma Jaya mengelola 3 (tiga) Program Studi Strata 1 yaitu Administrasi Bisnis, ILmu Komunikasi dan Hospitality atau Pariwisata.