Fakultas Psikologi (FP) Unika Atma Jaya secara resmi didirikan pada 8 Juni 1992. Sejak awal berdiri hingga tahun 2005, kegiatan perkuliahan hanya dikonsentrasikan pada Program Studi Strata 1 (S1) Psikologi. Program Studi Psikologi sendiri telah mendapatkan akreditasi nilai A dari BAN PT pada tahun 2015. 

Program studi ini terdiri dari dua jurusan, yakni Psikologi Industri/Organisasi dan Psikologi Klinis. Pada tahun 2010, program studi ini dilengkapi lagi dengan jurusan Psikologi Pendidikan Anak dan Remaja. Tak hanya itu, FP Unika Atma Jaya terus mengalami perkembangan dan mendirikan berbagai program studi pascasarjana lain, seperti Program Studi Magister Sains Psikologi hingga Program Doktoral Psikologi.