Unika Atma Jaya merupakan buah gagasan yang dibahas pada rapat para Uskup se-Jawa pada Juni 1952. Dalam pertemuan itu diutarakan kemungkinan pembentukan suatu perguruan tinggi Katolik di Indonesia. Di Jakarta gagasan itu terwujud sejak didirikannya Yayasan Atma Jaya oleh sekelompok cendekiawan muda Katolik pada tanggal 1 Juni 1960. Yayasan inilah yang kemudian mendirikan sebuah perguruan tinggi Katolik dengan nama Universitas Katolik Indonesia Atma Jaya. Mereka antara lain:
| 1. | Ir. J.P. Cho. | 9. | Dr. Pang Lay Kim |
| 2. | Drs. Lo Siang Hien-Ginting | 10. | Ir. Tan Bian Seng |
| 3. | Drs. Goei Tjong Tik | 11. | Drs. Anton M. Moeliono |
| 4. | I.J. Kasimo | 12. | St. Munadjat Danusaputro S.H. |
| 5. | J.B. Legiman Kartawidjaja S.H. | 13. | Drs. J.F. Tan |
| 6. | Drs. Frans Seda | 14. | Dr. Tjiook Tiauw Hie |
| 7. | Drs. Ben Mang Reng Say | 15. | Drs. R. Tan Tek Hian |
| 8. | Drs. A. Bong Kim Po |
MISI YAYASAN |
|
| 1. | Membangun komunitas Atma Jaya yang semakin kuat dalam iman, persaudaraan sejati, dan budaya kasih. |
| 2. | Mengembangkan komunitas Atma Jaya sebagai kader bangsa yang unggul, berwatak, kritis, serta mempunyai semangat belajar seumur hidup. |
| 3. | Melaksanakan kepemimpinan dan manajemen secara transparan, akuntabel, responsibel, mandiri, dan adil. |
| 4. | Meningkatkan perwujudan martabat manusia serta kesejahteraan sosial dengan mengembangkan sikap peduli, solider, plural, dan lebih berpihak kepada yang lemah. |


Kepedulian terhadap martabat manusia dan kesejahteraan sosial adalah orientasi dasar menuju terwujudnya nilai-nilai Kristiani yang disertai dengan kompetensi profesional unggul.

Praktik atau pendekatan pelaksanaan tugas dengan memprioritaskan prinsip tata kelola yang handal (transparan, akuntabel, responsible, mandiri, dan adil) untuk memastikan kualitas.

Dorongan untuk terus menerus mengembangkan diri dengan belajar seumur hidup dan berwatak kritis sehingga menjadi lembaga unggulan dan terdepan di bidang ilmiah.

Iman Katolik yang diwujudkan dengan kuat dalam iman, budaya kasih dan persaudaraan sejati menjadi landasan seluruh proses.















