Fakultas Teknik (FT) Unika Atma Jaya pertama kali didirikan pada tanggal 1 Juli 1961 dan dikenal sebagai Fakultas Teknologi pada masa itu. Jurusan pertama dari FT saat itu adalah Teknik Mesin. Perubahan nama fakultas menjadi Fakultas Teknik terjadi pada tahun 1985 berdasarkan dengan surat keputusan Menteri Pendidikan dan Budaya. Pada tahun 1988, Jurusan kedua dari FT yaitu Teknik Elektro pun didirikan. Di tahun-tahun berikutnya, FT pun semakin berkembang dan hingga kini ada tujuh program studi unggulan untuk Strata 1 (S1), seperti Program Studi Teknik Mesin, Program Studi Teknik Elektro, Program Studi Teknik Industri dan juga Program Studi Sistem Informasi.

Selain program studi sarjana, FT Unika Atma Jaya juga menyediakan program studi pascasarjana dengan program studi Magister Teknik Mesin, Magister Teknik Elektro, serta Program Profesi Insinyur. Sejak 2017 Fakultas Teknik menyelenggarakan perkuliahan di 2 Kampus yaitu Kampus I Semanggi untuk pascasarjana (Magister Teknik Mesin, Magister Teknik Elektro, Profesi Insinyur) dan Prodi S1 Teknik Industri, dan Kampus III BSD untuk semua prodi S1 (Teknik Mesin, Teknik Elektro, Teknik Industri, Sistem Informasi).