PROGRAM PASCASARJANA
Unika Atma Jaya juga memiliki program pasca sarjana, salah satunya adalah Program Magister (S2). Program Magister, diantaranya yaitu: Magister Manajemen (MM), Magister Akuntansi (M.Ak), Magister Ekonomi Terapan (M.E), Magister Administrasi Bisnis (M.A.B) , Magister Psikologi Sains (M.Psi), Magister Ilmu Hukum (M.H), Magister Teknik Mesin (M.T), Magister Teknik Elektro (M.T), Magister Bioteknologi (M.Biotek), Magister Biomedik (M.Biomed), dan Magister Linguistik Terapan Bahasa Inggris (M.Li)