Terbentuknya Lembaga Inovasi Pendidikan dan Pembelajaran (LIPP) adalah salah satu bentuk penataan stuktur organisasi Universitas Katolik Indonesia (Unika) Atma Jaya untuk mendorong tercapai visi, misi Unika Atma Jaya terhadap adanya berbagai kebijakan dari pemerintah dan dampak dari perkembangan teknologi agar terwujud menghasilkan lulusan atau sumber daya manusia yang unggul.

Visi Unika Atma Jaya adalah menjadi perguruan tinggi terkemuka yang memiliki keunggulan akademik dan profesional di tingkat nasional maupun internasional serta yang secara konsisten mewujudkan perpaduan nilai kristiani, ilmu pengetahuan dan teknologi, serta budaya Indonesia dalam upaya mencerdaskan kehidupan bangsa.

Misi Unika Atma Jaya adalah menyelenggarakan pendidikan akademik, profesi dan vokasi untuk pengembangan ilmu, profesionalisme, dan karakter peserta didik dan bertujuan menghasilkan lulusan yang profesional, berintegritas tinggi, peduli pada kepentingan masyarakat, berorientasi global, dan tanggap pada kemajuan IPTEKS

Pada saat ini perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi sangat pesat, telah membawa perubahan yang sangat pesat dalam berbagai aspek kehidupan, termasuk dunia pendidikan. Dalam masa yang sangat dinamis ini, Unika Atma Jaya menyadari untuk dapat merespons perubahan ini secara cepat dan tepat dan perlu ada inovasi maupun transformasi pendidikan dan pembelajaran untuk bisa membekali, mempersiapkan lulusan Unika Atma Jaya menjadi lulusan atau generasi yang unggul.

Lembaga Inovasi Pendidikan dan Pembelajaran dibentuk pada tanggal 1 Juni 2021 dengan Surat Keputusan Yayasan Atma Jaya No. 073/I/SK-LL/08/2021 tanggal 9 Agustus 2021 untuk memperkuat bidang inovasi teknologi pendidikan dan pembelajaran. Tujuan LIPP adalah mengembangkan program pendidikan multistrata dan multijenis, pasca doktoral, program pembelajaran bersertifikat, dan mengembangkan teknologi Pendidikan.  Mengembangkan, membina dan mengevaluasi kegiatan teknologi pendidikan dan pendayagunaan teknologi informasi serta komunikasi di lingkungan Pendidikan.

LIPP merupakan lembaga yang bekerja di bawah koordinasi Wakil Rektor Bidang Akademi. Secara struktur organisasi, LIPP dipimpin oleh seorang kepala dengan membawahi tiga Bagian yaitu Bagian Inovasi dan Teknologi Pembelajaran, Bagian MPK dan Mata Kuliah Multidisiplin, dan Bagian Peningkatan dan Pembelajaran Aktivitas Instruksional.