Fakultas Kedokteran (FK) Unika Atma Jaya mulai didirikan pada tahun 1967 dan memulai praktik Pendidikan pertama di tahun 1968. Setahun berselang, tepatnya di tahun 1969 FK Unika Atma Jaya mendapatkan status terdaftar dari Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, bersamaan dengan pembangunan gedung permanen sebagai sarana perkuliahan. Salah satu fasilitas penunjang perkuliahan, yaitu Rumah Sakit Atma Jaya mulai digunakan sebagai lahan untuk Pendidikan klinis dokter pada tahun 1976.

Mulai tahun akademik 1991/1992 seluruh proses belajar mengajar diadakan di Kampus Pluit, yang berada satu lokasi dengan Rumah Sakit Atma Jaya. Program Studi Farmasi pertama kali dimulai pada tahun 2017. Dengan adanya perkembangan ilmu kedokteran, khususnya di bidang biomedik yang sangat pesat, maka FKIK UNIKA Atma Jaya pun, merenovasi dan membangun laboratorium terpadu di Gedung Damianus yang diresmikan pada tahun 2019 dan selanjutnya pada pertengahan tahun 2020 mendirikan Program studi Magister Biomedik.