Isu keberlanjutan diarusutamakan ke dalam ruang-ruang pendidikan dan pengajaran di Unika Atma Jaya melalui dua jalur. Pertama, menyisipkan dan menambahkan tema-tema keberlanjutan ke dalam mata-mata kuliah yang sudah ada. Kedua, menghadirkan mata-mata kuliah baru bertema keberlanjutan. Sebagai ilustrasi, pada tahun 2019-2021 Program Studi Ekonomi Pembangunan FEB Unika Atma Jaya telah menghadirkan tema-tema keberlanjutan dalam mata kuliah Ekonomi Pembangunan (ECS 244) di jenjang Strata I. Tema-tema ini merupakan pengembangan mata kuliah ini yang sejak lama telah mendiskusikan isu-isu Millenium Development Goals (MDGs) dan Sustainable Development Goals (SDGs). Dalam perkembangannya, pada tahun ajaran 2021-2022, mata kuliah Pembangunan Berkelanjutan (ECS 250) dihadirkan sebagai mata kuliah baru untuk mendampingi mata kuliah Ekonomi Pembangunan (ECS 244). Di jenjang strata yang sama, Program Studi Manajemen juga mengembangkan hal serupa melalui mata kuliah Praktek Profesional dan Seminar Keberlanjutan (MAP 611). Sementara itu, di jenjang Strata II, Program Magister Manajemen berada di jalur yang sejajar melalui mata kuliah Manajemen Berkelanjutan (MAP 607).  

Merujuk pada Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi 42/2016 tentang Pengukuran dan Penetapan Tingkat Kesiapterapan Teknologi dan Panduan Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (Edisi XIII Revisi, 2021) bagi Perguruan Tinggi Penyelenggara Pendidikan Akademik, secara keseluruhan jumlah karya penelitian itu terbagi ke dalam tiga kategori, yaitu penelitian dasar, penelitian pengembangan, dan penelitian terapan. Dalam rujukan itu, penelitian dasar didefinisikan sebagai (h. 3), “Penelitian dasar berorientasi pada luaran penelitian yang berupa penjelasan atau penemuan untuk mengantisipasi suatu gejala, fenomena, kaidah, model, atau postulat baru.” Sementara itu, penelitian pengembangan adalah (h. 63), “menghasilkan produk ilmu pengetahuan, teknologi, seni, dan budaya; merealisasikan peta jalan teknologi atau hasil riset yang bersifat multidisiplin yang menghasilkan produk komersial; membangun kemitraan academic, bussiness, government, and community (ABGC); dan meningkatkan dan mendorong kemampuan peneliti di perguruan tinggi untuk bekerjasama dengan institusi mitra di dalam negeri atau di luar negeri.”

Selanjutnya, penelitian terapan (h. 3), “berorientasi pada luaran penelitian yang berupa inovasi serta pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi yang bermanfaat bagi masyarakat, dunia usaha, dan/atau industri.” Penelitian ini sebagai kelanjutan dari riset dasar untuk menghasilkan produk hilirisasi untuk menciptakan inovasi dan pengembangan ipteks yang dimanfaatkan oleh industri dan masyarakat melalui kolaborasi dengan penggunanya. Penelitian ini berorientasi produk ipteks yang telah tervalidasi di lingkungan laboratorium/lapangan atau lingkungan yang relevan.” 

Terdapat lima (5) kabupaten daerah 3T yang didampingi oleh Unika Atma Jaya, yakni Kab. Nias Selatan, Kep. Mentawai, Kab. Mahakam Ulu, Kab. Sumba Barat Daya, dan Kab. Kupang. Beberapa pelayanan yang diberikan antara lain sertifikasi tanah, capacity building bagi Aparatur Sipil Negara (ASN), community development, pengelolaan energi terbarukan, dan pemberian beasiswa bagi anak-anak yang berprestasi namun tidak mampu.