LPM Unika Atma Jaya berdiri pada 1 Februari 1997 sesuai dengan SK Yayasan Atma Jaya No. 006/I/SK/01/97 dan dipimpin oleh seorang Ketua.

LPM, ketika pertama kali berdiri memiliki dua pusat, yakni Pusat Peningkatan Usaha Kecil Terpadu (PPUKT) dan Pusat Pengajaran Bahasa (PPB). Pada tahun 1998 LPM memiliki satu pusat tambahan, yaitu Pusat Pengembangan Sumber Daya Manusia (PPSDM).

Dengan terjadinya restrukturisasi LPM Unika Atma Jaya, sesuai dengan SK Yayasan Atma Jaya No. 1013/I/SK-LL-12/2000 tanggal 21 Desember 2000, pusat-pusat yang ada di lingkungan LPM Unika Atma Jaya disempurnakan menjadi Pusat Pengajaran Bahasa (PPB), Pusat Pemberdayaan Masyarakat (PPM), dan Pusat Peningkatan Keterampilan (PPK). Pada pertengahan tahun 2006 LPM hanya membawahi PPM dan PPB, dan sejak pertengahan Juni 2010 hanya PPM yang kemudian berada di bawah koordinasi LPPM.

Penggabungan LPA dan LPM menjadi LPPM telah ditegaskan dalam Statuta Unika Atma Jaya tahun 2007. Pada Bab VIII Pasal 30 statuta tersebut diuraikan bahwa LPPM adalah unsur pelaksana tridarma perguruan tinggi yang melaksanakan sebagian tugas pokok dan fungsi universitas dan berada di bawah Rektor.

PPM merupakan salah satu pusat dibawah LPPM, yang dikhususkan untuk  melaksanan Pengabdian kepada Masyarakat. Sejalan dengan tugas  dan tanggungjawab yang dilimpahkan LPPM, PPM memiliki tugas dan tanggungjawab pokok untuk mengkoordinasikan kegiatan pengabdian masyarakat yang dilaksanakan oleh dosen, unit, dan mahasiswa (UKM) secara lintas fakultas/unit/prodi terutama untuk pelaksanaan kegiatan pengambdian kepada masyarakat di daerah mitra .

Dalam menjalankan aktivitasnya, PPM menjalin hubungan atau komunikasi langsung dengan masyarakat, dosen, alumni dan mahasiswa, dalam rangka mengembangkan konsep pengabdian masyarakat dan merancang kegiatan pengabdian. 

Beberapa kegiatan pengabdian kepada masyarakat yang menjadi andalan PPM dan telah terlaksana adalah pemanenan air dari air hujan (Rain Water Harvesting), perbengkelan, pengembangan apotik hijau (hidup) yang terintegrasi dengan kegiatan pengabdian bidang lingkungan hidup, pengembangan program pra-sekolah (PAUD), pengembangan perpustakaan baik untuk sekolah (SD) maupun masyarakat. Selain itu juga melaksanakan Pelatihan Teknisi Sepeda Motor di Balai Latihan Kerja Borong, Flores, NTT dalam bentuk KKN Tematik yang dilakukan oleh Mahasiswa Prodi Teknik Mesin selama 2 tahun secara bergantian. Dalam waktu 2 tahun ini Balai Latihan Kerja diharapkan sudah mampu melaksanakan pelatihan secara mandiri.

Untuk pengembangan dan keberlajutan kegiatan pengabdian,  PPM juga menjalin komunikasi dan kerjasama baik dengan pemerintah, swasta maupun komunitas sebagai mitra pendukung dalam melaksanakan kegiatan pengabdian di daerah mitra. Sebagai contoh untuk membantu masyarakat di desa Metangga, kecamatan Sano Nggoang, Manggarai Barat, Flores, NTT yang mengalami kesulitas untuk mengakses air bersih untuk kebutuhan konsumsi keluarga, PPM bekerjasama dengan Komuitas Titi Asa telah memberikan bantuan Tangki Penampung air dan selang/pralon penyalur air. Selain itu juga membentuk komunitas masyarakat untuk mengelola air dan sarana tersebut agar lebih efektif.