Fakultas Biosains, Teknologi, dan Inovasi (FBTI) Unika Atma Jaya didirikan pada 1 Januari 2025 yang merupakan penggabungan dari Fakultas Teknik yang sebelumnya sudah berdiri sejak 1 Juli 1961 dan Fakultas Teknobiologi yang sebelumnya sudah berdiri sejak 3 April 2002.

Untuk program sarjana, program studi yang pertama berdiri di tahun 1961 adalah Teknik Mesin, lalu di tahun 1979 berdiri Program Studi Teknik Elektro. Kemudian pada tahun 1999 didirikan Program Studi Teknik Industri. Pada tahun 2002 berdirilah  Program Studi Biologi yang kemudian berubah nama menjadi program studi Bioteknologi, dan merupakan Program Studi Bioteknologi pertama di Indonesia untuk jenjang sarjana. Program Studi Teknologi Pangan berdiri tahun 2014 lalu pada tahun 2017 didirikanlah Program Studi Sistem Informasi. FBTI Unika Atma Jaya juga mendirikan  Program Studi Magister Teknik Mesin, Magister Teknik Elektro, Magister Bioteknologi, serta Program Profesi Insinyur.

Sejak tahun 2017 FBTI menyelenggarakan perkuliahan di dua Kampus. Kampus I Semanggi untuk Program Studi Magister Teknik Mesin, Magister Teknik Elektro, Magister Bioteknologi, Program Profesi Insinyur, serta Program Studi Teknik Industri, Teknik Mesin, dan Teknik Elektro. Kampus 3 Unika Atma jaya di BSD digunakan untuk perkuliahan semua program sarjana baik Program Studi Teknik Mesin, Teknik Elektro, Teknik Industri, Bioteknologi, Teknologi Pangan dan Sistem Informasi.

Visi Fakultas Biosains, Teknologi, dan Inovasi

Menjadi fakultas terkemuka di bidang biosains dan teknologi yang inovatif, dengan keunggulan akademik dan profesional, serta mewujudkan perpaduan iman kristiani dan IPTEK untuk mencerdaskan kehidupan bangsa.

Misi Fakultas Biosains, Teknologi, dan Inovasi

1. Menyelenggarakan pendidikan akademik dan profesi untuk pengembangan bidang biosains dan teknologi serta pembentukan karakter peserta didik.
2. Menyelenggarakan penelitian dasar dan terapan untuk memajukan bidang biosains dan teknologi yang inovatif.
3. Mendarmabaktikan keahlian di bidang biosains dan teknologi melalui kegiatan pengabdian kepada masyarakat yang tepat guna.
4. Mengelola pendidikan tinggi yang kolaboratif dan berkelanjutan secara efektif, efisien, dan beretika.

Tujuan Fakultas Biosains, Teknologi, dan Inovasi

1. Menghasilkan lulusan yang profesional, berintegritas, peduli pada kepentingan masyarakat, berorientasi global, dan tanggap terhadap perkembangan biosains dan teknologi.
2. Menghasilkan penelitian dan karya ilmiah yang dipublikasikan di tingkat nasional dan internasional serta memperoleh kekayaan intelektual.
3. Melaksanakan pengabdian kepada masyarakat sesuai dengan keahlian di bidang biosains dan teknologi.
4. Mengembangkan program pendidikan tinggi yang efektif, efisien, kolaboratif, dan berkelanjutan.
5. Mengembangkan sarana dan prasarana pendidikan yang modern serta tenaga pendidik dan kependidikan yang profesional.