Pada tahun 1990 keluarlah Peraturan Pemerintah No. 30 tentang perguruan tinggi yang mengatur struktur lembaga universitas dengan unit-unitnya. Untuk memenuhi peraturan tersebut, pada tanggal 1 April 1994 diterbitkan SK Yayasan No. 098/II/SK/3/94 yang mengintegrasikan PKPM, PPE, PKBB, dan Puslitkes di bawah LPA. Pada tahun 2004 lembaga penelitian menambah satu cikal bakal Pusat Kajian Asia Timur (PKAT). Kiprah PKAT telah dimulai dengan berbagai seminar dan upaya kerja sama di tingkat regional. Namun beberapa tahun terakhir ini PKAT vakum.

Adapun LPM, ketika pertama kali berdiri memiliki dua pusat, yakni Pusat Peningkatan Usaha Kecil Terpadu (PPUKT) dan Pusat Pengajaran Bahasa (PPB). Pada tahun 1998 LPM memiliki satu pusat tambahan, yaitu Pusat Pengembangan Sumber Daya Manusia (PPSDM).

Dengan terjadinya restrukturisasi LPM Unika Atma Jaya, sesuai dengan SK Yayasan Atma Jaya No. 1013/I/SK-LL-12/2000 tanggal 21 Desember 2000, pusat-pusat yang ada di lingkungan LPM Unika Atma Jaya disempurnakan menjadi Pusat Pengajaran Bahasa (PPB), Pusat Pemberdayaan Masyarakat (PPM), dan Pusat Peningkatan Keterampilan (PPK). Pada pertengahan tahun 2006 LPM hanya membawahi PPM dan PPB, dan sejak pertengahan Juni 2010 hanya PPM yang kemudian berada di bawah koordinasi LPPM.

Ketua LPM pada tahun 1997—2000 adalah Ir. C. Widayati, M.S.A.; tahun 2000—2003 Drs. Agustinus Margono, M.P.A.; tahun 2003—2004 Marcellinus Marcellino, Ph.D.; tahun 2004—2007 Ir. Petrus Tahir Ursam, M.Sc.

Penggabungan LPA dan LPM menjadi LPPM telah ditegaskan dalam Statuta Unika Atma Jaya tahun 2007. Pada Bab VIII Pasal 30 statuta tersebut diuraikan bahwa LPPM adalah unsur pelaksana tridarma perguruan tinggi yang melaksanakan sebagian tugas pokok dan fungsi universitas dan berada di bawah Rektor. LPPM bertugas melaksanakan, mengkoordinasikan, dan memantau pelaksanan kegiatan penelitian dan pengabdian masyarakat, yang diselenggarakan oleh dosen secara individu atau berkelompok, jurusan, fakultas, lembaga atau unit organisasi yang berada di bawah Universitas. LPPM mempunyai fungsi dan tugas menyelenggarakan program penelitian dan pelayanan kepada masyarakat, mendorong dan membina kemitraan dan keterampilan yang didasari bidang keahlian sehingga dapat membantu kualitas kehidupan masyarakat urban, dan menyelenggarakan program penerapan hasil penelitian dan pengembangan di Universitas.

LPPM menangani penelitian dan pengabdian masyarakat yang bersifat multi disiplin, tematik, dan terapan. Kegiatan LPPM bertujuan untuk (a) mengembangkan bidang keilmuan; (b) mengembangkan intervensi di dalam kampus dan masyarakat, khususnya masyarakat kurang mampu di perkotaan; (c) memperkaya bidang pengajaran; (d) mengembangkan jaringan kerja lokal, nasional, dan internasional.

Pada tanggal 1 April 2010 dengan SK Yayasan 077/I/SK-LL/04/2010 didirikanlah Pusat HIV/AIDS yang berkiprah di bidang penelitian terkait isu HIV dan AIDS yang memberikan kontribusi bagi penanggulangan HIV dan AIDS secara nasional, khususnya melalui perspektif ilmu perilaku. Dengan demikian sejak saat itu LPPM membawahi 5 pusat penelitian dan 1 pusat pengabdian masyarakat, yaitu:

1.       Pusat Kajian Pembangunan Masyarakat (PKPM)

2.       Pusat Kajian Bahasa dan Budaya (PKBB)

3.       Pusat Pengembangan Etika (PPE)

4.       Pusat Penelitian Kesehatan (Puslitkes)

5.       Pusat Penelitian HIV/AIDS (PPH)

6.       PPM (Pusat Pemberdayaan Masyarakat)

Pusat-pusat penelitian dan Pusat pengabdian masyarakat di bawah LPPM ini mempunyai karakteristik sendiri-sendiri.

Sejak berdiri hingga sekarang LPPM telah berganti empat kali kepemimpinan. Ketua LPPM (dulu LPA) tahun 1997—2000 adalah Mely G. Tan, Ph.D.; tahun 2000—2003 Prof. Alois Agus Nugroho; tahun 2003—2009 Prof. Irwanto, Ph.D dan sekarang tahun 2010 – 2012: Dr. A. Prasetyantoko. LPPM dibantu oleh tiga komisi yang bertugas memberikan jaminan mutu dan arahan teknis dan visioner kepada dosen dan unit-unit.

* Komisi Etika Penelitian: Komisi ini menelaah proposal penelitian para dosen di Unika Atma Jaya dari sudut pandang etika.

* Komisi Ilmiah: Komisi ini membantu LPPM dalam menilai, membantu memberikan akses pada sumber dana dan daya, serta sebagai mekanisme kontrol terhadap proposal dan hasil penelitian.

* Komisi HKI: Komisi ini mensosialiasikan perangkat perlindungan HKI melalui kurikulum baik sebagai satu mata kuliah maupun bagian dari mata kuliah yang relevan. Di samping itu, komisi HKI membantu mematenkan hasil karya dosen dan mahasiswa di bidang HKI dan membentuk tim fasilitator untuk mengurus sertifikasi bagi keperluan pematenan hasil karya dosen dan mahasiswa.