Kementerian Pendidikan Nasional melalui Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 188/E/O/2011 tertanggal 22 Agustus 2011 tentang Penyelenggaraan Program Studi Bioteknologi (S2) pada Universitas Katolik Indonesia Atma Jaya, Fakultas Teknobiologi telah secara resmi memberikan ijin kepada Fakultas Teknobiologi untuk menyelenggarakan pendidikan program studi Bioteknologi, program Pascasarjana (S2) mulai tahun akademik 2011/2012. Perkuliahan akan dimulai pada 1 Maret 2012. Program pascasarjana S2 ini melengkapi program pendidikan di bidang Bioteknologi di Unika Atmajaya yang telah dimulai pada tahun 2002 dengan pembukaan Fakultas Teknobiologi.