Fakultas Teknobiologi Unika Atma Jaya kembali mendapatkan akreditasi A untuk Program Studi S1 Biologi. Akreditasi ini dikeluarkan oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT) melalui SK.BANPT No.016/BAN-PT/Ak-XIV/S1/VII/2011 tanggal 28 Juli 2011. Penilaian akreditasi mencakup tujuh standard, yaitu
Ketujuh standar ini diniliai berdasarkan borang (formulir) dan evaluasi diri yang harus diisi dan dilengkapi bukti-bukti pendukung, serta kunjungan dua orang penilai yang dikirim oleh BAN PT. Dengan diraihnya akreditasi A ini menunjukkan bahwa penyelenggaraan pendidikan di program studi Biologi, Fakultas Teknobiologi dinilai sangat baik dan telah sesuai dengan standard nasional.
Selain akreditasi A ini, Fakultas Teknobiologi Unika Atma Jaya juga telah mendapatkan pengakuan internasional melalui serifikat ISO 9001:2008 sejak awal tahun 2010 yang lalu. Sertifikat ISO 9001:2008 ini memperlihatkan dan menjamin bahwa proses penyelenggaraan pendidikan di Fakultas Teknobiologi telah sesuai dengan standard internasional dan prosedur yang telah ditetapkan.